Centre de Recherche des Cordeliers (CRC)

Des études simplifiées par l’introduction d’algorithmes d’analyse d’images automatisés et reproductibles

Le Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), a pour mission l’étude de la régulation des grandes fonctions de l’organisme et du rôle des dérèglements de ces fonctions dans la genèse et la progression des maladies. Cinquante personnes y travaillent quotidiennement.

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La relation étroite entre recherche fondamentale et recherche clinique est une caractéristique marquante du centre. Les équipes du CRC participent au développement de multiples innovations. Des découvertes sont ainsi réalisées dans les domaines de l’imagerie, de l’identification de marqueurs pronostiques génétiques, protéiques ou cellulaires et à la production de molécules ou de cellules à usage thérapeutique. Dans le cadre de leurs projets de recherche, les chercheurs quantifient des biomarqueurs sur un grand nombre de lames. Les chercheurs ont souhaité intégrer les nouvelles technologies en pathologie numérique à leur laboratoire. Une initiative prise afin d’améliorer la gestion de l’imagerie numérique au sein des équipes et de perfectionner leurs analyses.

La solution déployée :

Le CRC s’est équipé de scanners de lames virtuelles afin de développer l’automatisation et la reproductibilité des analyses d’images. Le logiciel CaloPix a été intégré aux usages et permet de traiter l’ensemble du flux image allant de la production à la gestion en passant par l’analyse des données. Grâce à son fonctionnement en réseau autour d’une base de données, CaloPix garantit une circulation optimale de l’information des images. Le logiciel respecte la sécurité et la traçabilité des données. Véritable station de travail du chercheur aux fonctionnalités ergonomiques et puissantes, CaloPix intègre des outils de traitement par lots et de suivi des opérations images.

Le logiciel propose des fonctionnalités avancées en analyse d’images. Cela permet de répondre aux besoins d’identification et de quantification sur coupes histologiques marquées. Les équipes de recherche ont utilisés les modules d’analyse d’images développés par TRIBVN Healthcare, et notamment: Immuno suite pour le screening automatisé des anticorps sur coupes histologiques et Tissue Recognition pour la reconnaissance et l’identification des tissus.

Les bénéfices :

  • Amélioration des pratiques quotidiennes
  • Automatisation des travaux de quantification
  • Centralisation de l’ensemble des données et images

Les recherches menées ont conduit à la parution de plusieurs publications relatives à l’étude des cellules immunitaires dans des cas de cancers du poumon ou colorectal notamment. Autant de nouveaux outils qui facilite le quotidien des chercheurs et améliorent leurs pratiques.

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Les utilisateurs témoignent :

Dr Marie-Caroline Dieu-Nosjean
Chercheur (Laboratoire « Cancer et Immunité anti-tumorale », UMRS1138, CRC)

« Nous réalisons essentiellement des doubles marquages afin de mieux préciser la localisation tissulaire des cellules d’intérêt (ex. : lymphocytes T dans versus hors les massifs de cellules tumorales), une sous-population parmi un type cellulaire (ex. : lymphocytes T régulateurs parmi les cellules T CD4+) ou encore la fonction potentielle d’une population de cellules (ex. : lymphocytes T à activité cytotoxique parmi les lymphocytes T CD8+). Nous devons ensuite quantifier les cellules positives pour un marqueur donné dans différentes zones du tissu. L’ensemble de ces tâches représente un travail long et fastidieux, en plus de poser des problèmes de reproductibilité inter- expérimentateurs s’il est réalisé manuellement. »

« La solution logicielle CaloPix, déployée par TRIBVN, nous a permis d’accélérer l’analyse et la quantification des cellules sur une grande série d’images par l’automatisation des tâches à faible valeur ajoutée et par la standardisation de la production journalière sur un modèle de lames virtuelles. »

« C’est pourquoi la mise en place d’une reproductibilité des analyses d’images a fait gagner en rapidité et en efficacité ces projets de recherche. »

« Cette intégration permet une mise en œuvre simple et graphique des macros d’analyses sur les lames, de l’indexation, de la présentation des résultats et du traitement en série des lames. »

« Les macros d’analyse Morphometry et Tissue Recognition sont particulièrement utilisées par nos chercheurs.»

« Cette possibilité de développement à façon et gratuite a vraiment été décisive dans notre choix pour la société TRIBVN