Analyse d’images avec Immuno Membrane

Ce programme a pour objectif de mesurer le nombre de membranes marquées des cellules identifiées sur une image. L’usage typique de cet algorithme est la quantification du marquage HER2.

Le protocole :

Les étapes de l’analyse d’images avec l’algorithme Immuno Membrane sont les suivantes :

  • Identification du plan couleur
    L’algorithme réalise une dé-convolution couleur automatique (DAB/H ou AEC/H). Cette dé-convolution peut ensuite être ajustée par l’utilisateur.
  • Segmentation de l’image
    L’opération de segmentation de l’image permet d’identifier l’ensemble des noyaux à analyser puis le chemin des membranes. Cette opération est réalisée automatiquement et peut ensuite être affinée à l’aide d’un curseur.
  • Définition des seuils de positivités au marquage
    La segmentation des objets peut être affinée par des traitements morpho-mathématiques. Les seuils des quatre classes d’intensité de marquage sont définis.

Les résultats sont exprimés en nombre et en pourcentage d’objets pour chacune des quatre classes, puis comparés au nombre total d’objets présents dans la région d’analyse. Les objets analysés peuvent également être individualisés et décrits un à un.

Les noyaux sont classés en fonction des intensités de leur marquage et de la complétude des membranes qui les entourent. Ils sont répartis dans quatre classes, de négatif à intensité 1+, 2+ et 3+. La proportion de noyaux entourés par une membrane positive et complète sur l’ensemble des noyaux détectés c’est-à-dire le «nombre de noyaux marqués/nombre total de noyaux» donne alors l’indice de marquage.