Analyse d’images avec TMA

TMA Crop and Score est dédié au traitement des lames virtuelles de TMA (Tissue Micro Array). L’algorithme permet d’identifier et de scorer les spots dans le bloc traité, par annotation manuelle ou par quantification automatique.

Le protocole :

Les étapes de l’analyse d’images avec l’algorithme TMA Crop and Score sont les suivantes  :

  • Import des données de fabrication du bloc
    La grille théorique des TMA est ainsi réalisée en superposition à l’image de la lame virtuelle.
  • Alignement rapide des coins la grille sur l’image
    L’alignement est effectué par déplacement ou déformation de la grille.
  • Centrage automatique
    La grille est ensuite centrée automatiquement sur les spots de l’image
  • Création et individualisation des cadres des images de spots
    Après alignement, le système génère des images virtuelles pour chacun des spots. Cela permet une gestion individuelle des métadonnées associées à chaque spot.
  • Scoring manuel avec viewer adapté et synchronisation inter-lames au sein du même bloc
    Cette étape permet de comparer les marqueurs sur un même spot.
  • Quantification automatique
    Il est possible de quantifier automatiquement les spots grâce à un des algorithmes du logiciel CaloPix.
  • Export des informations pour traitement statistique.

Enfin, les résultats sont exportables au sein d’un fichier Excel de synthèse. Ce dernier contient l’ensemble des données pour chacun des spots.