Analyse d’images avec ISH (lames FISH, CISH et RNA Scope)

Quantification des lames d’hybridation in situ

Pour les lames CISH/FISH, l’algorithme permet de détecter et quantifier le gène et son contrôle, et de segmenter les noyaux si besoin. Le résultat propose ainsi un nombre de gène et contrôle total sur une région d’intérêt, ou une classification des noyaux basée sur l’amplification du gène.

Pour les lames RNA Scope, l’algorithme permet de détecter et quantifier le gène recherché, et de segmenter les noyaux si besoin. Le résultat propose ainsi un nombre de gène total sur une région d’intérêt, ou une classification des noyaux basée sur le nombre de copies du gène.


Le protocole :

Les étapes de l’analyse d’images avec l’algorithme ISH sont les suivantes :

  • Segmentation des noyaux
    Une segmentation en luminance est réalisée sur un des axes colorimétriques. Cette étape permet de segmenter les noyaux du reste du tissu. Un algorithme de séparation est alors appliqué pour les individualiser.
  • Segmentation des gènes
    Chaque gène est segmenté dans son propre canal. Une approche en points (dot) et / ou en surface est possible. 
  • Classification
    Pour chaque noyau un nombre de copies du gène et éventuellement de son contrôle est estimé. Chaque noyau est trié en fonction du nombre de copies ou de l’amplification.

Les résultats présentent le nombre de noyaux valides segmentés ainsi qu’une classe en fonction du nombre de copies ou de l’amplification. Une représentation couleur et en galerie permet de valider le tri.